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\author[H. Wurst]{Hans Wurst}
\title[Short thesis title]{Long thesis title}
\subtitle{Thesis subtitle}
\fb{Biologie}
\university{Technischen Universit\"at Darmstadt}
\refereeA{Prof. Dr. Musterprof}
\refereeB{Prof. Dr. Musterprof2}
\location{Darmstadt}

\DeclareSIUnit\ions{ions}
\DeclareSIUnit\molar{M}
\DeclareSIUnit\millimolar{mM}
\DeclareSIUnit\electrons{e\textsuperscript{-}}

\include{acronyms}

\begin{document}
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\frontmatter
\changelocaltocdepth{-1} % hide from toc
\pagenumbering{roman}
\include{frontpages}
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\addcontentsline{toc}{chapter}{Contents}
\tableofcontents
\newpage
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\addcontentsline{toc}{chapter}{\listfigurename}
\listoffigures
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\addcontentsline{toc}{chapter}{\listtablename}
\listoftables
\changelocaltocdepth{1}

% % main text
\mainmatter
\pagenumbering{arabic}

\chapter{Prologue}
\marginnote{\begin{quote}
\textit{"... Ion channels are involved in \mbox{every} thought, 
every perception,
every movement, every heartbeat."}\\
\hspace*{\fill}- Clay M. Armstrong (1999)
\end{quote}}

\blindtext
\section{Thesis Outline}
\blindtext
Finally, some text with citations here.\cite{Abraham2015,Alam2009}

\section{Publications}
The following thesis draws on the ideas and writing of the following published
works. They are the result of my own research performed during my doctoral
studies together with several coworkers and collaborators:
\begin{refsection}
\nocite{mypapermarini2018,mypaperporro2019,mypaperjenewein2020,mypaperhauf2020,mypaperschmidt2021,mypapersaponaro2021}
\begin{refcontext}{mypaper}
\vspace{-0.5cm}
\printbibliography[keyword=mypaper,heading=none,env=nodis]
\end{refcontext}
\end{refsection}
\begin{flushright}
* indicates equal contribution.
\end{flushright}

\chapter{Introduction}
\blindtext
\begin{figure}
\includegraphics[width=0.98\linewidth]{deadlines.png}
\caption{Taken from \href{https://www.phdcomics.com}{phdcomics.com}.
Here is an inline reference that has nothing to do with the graphic: \customcite{book:1314973}.}
\end{figure}
\section{Section 1}
\blindtext
\begin{marginfigure}
\includegraphics[width=0.98\linewidth]{cat.jpg}
\caption{A cat.}
\end{marginfigure}
\subsection{Subsection 1}
\blindtext
\subsection{Subsection 2}
\blindtext

\chapter{Results}
\blindtext
\section{Section 1}
\blindtext
\subsection{Subsection 1}
\blindtext
\subsection{Subsection 2}
\blindtext

\chapter{Discussion}
\blindtext
\section{Section 1}
\blindtext
\subsection{Subsection 1}
\blindtext
\subsection{Subsection 2}
\blindtext


\backmatter
% bibliography
\ChaptersOutsidePart
\include{biblio}
\ChaptersInsidePart

\changelocaltocdepth{0}
\begin{appendix}
\part{Appendix}
\chapter{Abbreviations}
\vspace{-0.5cm}
\begin{tcolorbox}[
    enhanced,
    enforce breakable,
    check odd page,
    toggle left and right,
    grow to right by=\marginparwidth+\marginparsep-0.4cm,
    toggle enlargement=evenpage,
    notitle after break,
    vfill before first,
    nobeforeafter,
    sharp corners,
    top=0pt,
    before upper={\let\clearpage\relax},
    opacityback=0,
    opacityframe=0,
]

\renewcommand{\glossarysection}[2][]{}  % no glossary title
\printglossaries
\end{tcolorbox}
\chapter{Experimental details}
\section*{How to build a flux compensator}
\blindtext
\section*{Some other Technical Stuff}
\blindtext
\blindtext
\chapter{Additional data}
\blindtext
\end{appendix}


% Thanks, CV, Erklärung
\pagestyle{nothing}
\ChaptersOutsidePart
\begin{fullwidth}
\include{acknowledgements}
\chapter*{Ehrenwörtliche Erklärung} %Erklärung gemäß \S9(1) Promotionsordnung
\addcontentsline{toc}{chapter}{Ehrenwörtliche Erklärung}

Ich erkläre hiermit, dass ich die vorliegende Arbeit
entsprechend den Regeln guter wissenschaftlicher Praxis selbstständig und ohne
unzulässige Hilfe Dritter angefertigt habe.

Sämtliche aus fremden Quellen direkt oder indirekt übernommenen Gedanken sowie
sämtliche von Anderen direkt oder indirekt übernommenen Daten, Techniken und
Materialien sind als solche kenntlich gemacht.
Die Arbeit wurde bisher bei keiner anderen Hochschule zu Prüfungszwecken
eingereicht.

Die eingereichte elektronische Version stimmt mit der schriftlichen Version
überein.

\vspace{1cm}

\par\noindent\rule{6cm}{0.4pt} \\
\strut \footnotesize Datum und Unterschrift \\
\end{fullwidth}
\ChaptersInsidePart
\end{document}